Keskus rajati EPMÜ nõukogu otsusega senise Baeri muuseumi asemele 1. juulist k.a. ning praegu on siin tööl kaks teadusloolast: Erki Tammiksaar ja Ken Kalling. Baeri muuseum avati tookordse teaduste akadeemia zooloogia ja botaanika instituudi allüksusena 1976, mil tähistati Baeri sajandat surma-aastapäeva. 1996. aastast on Baeri muuseum EPMÜ osa.

EPMÜ teadusloo uurimise keskuse eesmärk on luua interdistsiplinaarne ja asutustevaheline töörühm, mille uurimistulemustel oleks ka rahvusvahelist kaalu. Eeldused kujuneda jätkusuutlikuks teadusloo keskuseks olid endisel Baeri muuseumil olemas: nii sihtfinantseeritav teadusteema (teaduse retseptsioon Eesti ühiskonnas 18.–20. sajandil) ning teadusloolised uurimisgrandid (Baltisaksa polaaruurijad – teaduslooline analüüs) kui ka teadusajaloo raamatukogu.

Tuleb üle saada mõtteviisist, et teaduslugu on lühiaegne projekt mõne juubeli raames, mille käigus avaldatakse kogumik, mis on äratuntavalt sarnane varasematega. Teadusloo uurimine peab olema igapäevane töö, mille käigus selguvad seosed ja faktid, mis rikastavad nii meie kui ka maailma teaduslugu.

Kui praegu on teaduslugu Eestis valdavalt nn. ülikoolilugu – asutuste ja isikulugu, siis keskuse eesmärk on käsitleda Eesti teadusloo sõlmprobleeme tervikuna ja analüüsida eri teaduskontseptsioonide jõudmist Eestisse ja nende vastuvõttu ühiskonnas, ning vastupidi – kohalike olude ja õhustiku kajastumist siinses teadustöös. Selline mitme muutujaga uurimisteema on Eestis uudne ja pakub teadusloole uut analüüsiainest.

Keskuse siht ei saa siiski olla vaid piltlikult uurida Tartu ülikooli ajalugu. Tähtis on välja töötada ka EPMÜ raames huvi pakkuvad uurimisteemad. Oluline põllumajandusloo aspekt on tundma õppida ressursikasutust ehk mere- ja sisevee kalandust ja maakasutuse ning metsakorralduse ajalugu. Selline temaatika annab võimaluse teha väga laialdast koostööd eri teadlasrühmade vahel nii Eestis kui ka välismaal. Keskus töötab välja ka teadusloo kursused EPMÜ üliõpilastele, et laiendada nende üldteadmisi.