Riigikontroll auditeeris keskkonnaministeeriumi tegevust Natura 2000 võrgustiku loomisel ja kaitse korraldamisel aastatel 2000–2007. Esmajoones huvituti metsaelupaikadest, sest majandustegevuse tõttu võidakse neid lühikese aja jooksul suures ulatuses pöördumatult kahjustada.

Juuni alul avaldatud pressiteates on kirjas, et “Riigikontrolli hinnangul ei ole Eestis Natura 2000 võrgustik moodustatud ega nendel aladel kaitse korraldatud viisil, mis tagaks vääruslike metsa-elupaikade soodsa seisundi kogu riigis, mistõttu vajab Natura 2000 võrgustik täiendusi. Samas pole välistatud, et Natura alade hulka on piisava analüüsita arvatud paiku, mis tegelikkuses ei vaja sedavõrd karmi kaitsereþiimi ja seeläbi võib olla tekkinud põhjendamatuid piiranguid majandustegevusele ning lisakoormust maaomanikele ja riigile.”

Audit näitas, et Natura 2000 võrgustiku loomisel ei peetud silmas eesmärki säilitada elupaikade soodne seisund. Võrgustikku arvati peamiselt varasemad kaitsealad ning piisavat tähelepanu ei pööratud väljaspool kaitsealasid paiknevate väärtuslike elupaikade väljaselgitamisele.

Riigikontrolli tellitud analüüs näitas, et vanade loodusmetsade kohta olid keskkonnaministeeriumi andmed õiged ainult pooltel juhtudel. Märkimisväärseid puudusi leidis Riigikontroll ka teiste metsaelupaigatüüpide andmetes. Kokku käsitles analüüs elupaikasid, mis hõlmavad 59 protsenti Natura võrgustiku metsaelupaikade pindalast.

Auditit juhtinud peakontrolöri Tarmo Olgo sõnul on Natura võrgustiku pealiskaudse loomise tagajärjel jäetud Natura-aladest välja mitu kaitset väärivat elupaika ning võetud kaitse alla vähese loodusväärtusega kohti.

Probleemiks on ka Natura elupaikade kaitse korraldus. Hoolimata Riigikontrolli 1999. aasta auditis tehtud etteheitest kaitsekorralduskavade koostamata jätmise kohta, ei ole keskkonnaministeerium oma tööd parandanud ning suurel osal kaitse- ja hoiualadel pole endistviisi kaitsekorralduskavu. Samuti jäetakse metsaelupaikades tegevusi kavandades hindamata nende mõju elupaigale, mistõttu võidakse lubada elupaikasid kahjustavaid tegevusi.

Keskkonnaminister nõustus enamiku Riigikontrolli soovitustega ning tõdes, et Euroopa Komisjonile esitatud aruande kohaselt ei ole 80 protsendi Eesti väärtuslike metsaelupaikade seisund soodne. Samas jäi keskkonnaminister eriarvamusele auditi järelduste kohta.

Vt. täpsemalt võrgupaigast http://www.riigikontroll.ee/upload/failid/ka_40049_natura_28.05.2008_lopp.pdf.