Suurem osa kaitstavate liikide leiuandmeid laekub keskkonnaregistrisse riikliku looduskaitsekeskuse, keskkonnaministeeriumi või selle maakondlike teenistuste tellitud inventuuride põhjal. Töö tellija on kohustatud edastama seda laadi inventuuride tulemused keskkonnaregistrisse. Kuna liigikaitset korraldavad otseselt nii looduskaitsekeskus kui ka kohalik keskkonnateenistus, siis teavitatakse ka teist osalist, et registrisse on andmeid edastatud.

Teine oluline andmeallikas on riiklik keskkonnaseire, mille käigus täienevad senistes leiukohtades elavate asurkondade seisundi andmed, aga seire käigus lisandub ka uusi leiupaiku. Sageli võtab inventuuride ja seire lõpparuannete koostamine kaua aega ja vahepeal võib kaitsealuse liigi uus leiukoht teadmatusest ohtu sattuda ning mõne tegevuse tõttu hävida. Selliste riskide maandamiseks on otstarbekas teavitada uutest leidudest kohe kohalikku keskkonnateenistust või looduskaitsekeskuse regiooni, et värsket teavet saaks otsemaid rakendada.

Kolmandaks lisandub hulk andmeid looduskaitsetöötajate igapäevatöö käigus, nagu välitöödel, kaitstavate alade kaitsekorralduskavu koostades, keskkonnamõjude hindamise aruandeid läbi vaadates.

Kui keegi on leidnud kotkaste, must-toonekure või lendorava pesapuu, on ta looduskaitseseaduse § 50 lõike 3 järgi lausa kohustatud teatama sellest asukohajärgsele keskkonnateenistusele või riiklikule looduskaitsekeskusele kolme ööpäeva jooksul.

Ka kõikide teiste kaitsealuste liikide leiukohtadest on kõige otstarbekam anda teada eelkõige kaitse korraldajatele – looduskaitsekeskusele või keskkonnateenistusele. Kui vaja, käivad sealsed spetsialistid, raskemini määratavate liikide puhul nende liikide tundjad, kohapeal elupaiga või kasvukoha piire täpsustamas ning seejärel edastatakse andmed registrisse kandmiseks.

Viimastel aastatel on keskkonnaministeeriumi info- ja tehnokeskus koostöös Eesti looduseuurijate seltsiga loonud veebipõhise loodusvaatluste andmebaasi (loodusvaatlused.eelis.ee), kuhu igaüks saab sisestada oma vaatlusi. Kui andmebaasi sisestatud ja spetsialisti üle vaadatud andmed on kinnitatud, saadetakse teade kaitstava liigi registreerimise kohta sedamaid looduskaitsekeskuse vastava piirkonna spetsialistile, kes vajaduse korral täpsustab leiukohta ja edastab andmed registri tarbeks.